《采草药》的主旨是批判旧的不合理的采药方法，说明采撷草药不可“拘以时月”。文章入笔点出“古法采草药多用二月、八月，此法殊未当”，表明观点，这是文章的第一个层次。第二层列举两方面的理由加以说明。①草药使用部位有所不同，采集的时间就不能相同，应根据用根、用叶、用芽、用花、用实不同部位的质量要求，来确立采根、采叶、采芽、采花、采实的最佳时间。“拘以定月”采收百草，虽易辨识，但“在药则未为良时”。为了证明这一点，作者列举两个事例：一是无茎叶时和有茎叶时采撷的芦菔、地黄的质量截然不同，一是“苗成而未有花时”和“花过”之后采掘的紫草好坏各异，通过这正反两方面事实的对比，无可辩驳地说明了采集草药“不可限以时月”的论断是科学的。②草药生长条件不同，生长发育必然不同，采药的时间也应有所不同。土气有早晚的差别，天时有愆伏的变化，草药的生长必然受着地势、物性、地气、人力等诸方面因素的制约，成熟有早有晚。采撷百草入药，如果“拘以定月”，必然会影响草药的药用质量。作者仍以实例加以说明，说明“地势高下之不同”对植物的影响时，以“平地三月花”与“深山中则四月花”作比较，并以白居易的诗句“人间四月芳菲尽，山寺桃花始盛开”加以印证。然后列举了“岭峤微草，凌冬不雕；并、汾乔木，望秋先陨；诸越则桃李冬实，朔漠则桃李夏荣”的事实，说明南北植物生长的情况不大相同。接下来，以“一亩之稼，则粪溉者先芽；一丘之禾，则后种者晚实”，说明人力对植物生长发育的影响。第三层以“岂可一切拘以定月哉”收束全文，回应开头。

      文章列举了充分的事例，通过鲜明的比较，多侧面、多角度地说明了采集草药应该根据具体情况选择不同的时间，批判了“一切拘以定月”的陈腐观念。